Las autoridades encargadas de la seguridad alimentaria, así como la sociedad, se preocupan ya desde mediados del siglo XIX en todas las posibles enfermedades transmitidas por la leche y sus derivados. Los avances en la pasteurización han facilitado la labor de control por parte de las autoridades. Se hace especial hincapié en evitar posibles envenenamientos por Staphylococcus, salmonelosis, fiebre tifoidea, fiebre escarlata, brucelosis. Ya en el siglo XXI se hace especial vigilancia en contaminaciones mediante Escherichia coli O157:H7 (provoca en los humanos fuertes diarreas), así como contaminación por campilobacteriosis. Existen, no obstante, otros efectos fisiológicos inducidos por el consumo de productos lácteos y que se pueden traducir, por ejemplo, en el agravamiento de los enfermos de asma ya que éstos poseen ligeros efectos broncoconstrictores. En algunos casos se ha dado la posibilidad de contagio mediante fiebre de malta transmitida por la leche y los lácteos procedentes de las cabras y otros mamíferos.

No todos los productos lácteos son igualmente susceptibles de producir intoxicaciones alimentarias; por ejemplo, la mantequilla posee un bajo riesgo, mientras que los yogures o los helados poseen un alto grado de riesgo de contaminación. Se ha demostrado la posibilidad de transmisión a humanos de la fiebre aftosa mediante los productos lácteos. Gran parte de la contaminación microbacteriana se produce durante el procesado de los lácteos tras la pasteurización y algunos sectores de la industria láctea han establecido diversos puntos de chequeo en los que se realizan rigurosos controles bacterianos (uno de los métodos más conocidos es el: Hazard Analysis Critical Control Points -HACCP).